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章文的个人主页个人简介研究方向论文软件学生 E n g l i s h 章文的个人主页 Z h a n g W e n s H o m e p a g e 个人简介：华中农业大学信息学院教授、博士生导师、副院长中国计算机学会（ C C F ）高级会员， C C F Y O C S E F 武汉 2 0 2 2 2 0 2 3 主席中国人工智能学会生物信息学与人工生命专委会执行委员中国计算机学会生物信息学专委会执行委员中国计算机学会计算机应用专委会执行委员湖北省生物信息学会理事电子邮件： z h a n g w e n ( a ) m a i l . h z a u . e d u . c n 或者 z h a n g w e n ( a ) w h u . e d u . c n ( 为防止垃圾邮件，请把 ( a ) 换成 @ ) 聚焦人工智能药物发现研究，将深度学习、自然语言处理和知识图谱等人工智能方法运用于疾病靶标识别、苗头化合物筛选、药物重定位等问题，开发了一系列原创性算法；组织编写并发布 2 0 2 2 年人工智能学会系列白皮书之《人工智能与药物发现》。在 A A A I , I J C A I , I n f o r m a t i o n S c i e n c e s , P L O S C o m p u t a t i o n a l B i o l o g y , B i o i n f o r m a t i c s , B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s , I E E E A C M T C B B 等杂志 / 会议上发表论文 1 0 0 余篇。 H i n d e x = 3 7 ， G o o g l e 引用约 4 9 0 0 次。担任 B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s 等杂志编委，担任 N a t u r e B i o m e d i c a l E n g i n e e r i n g 、 T P A M I 等期刊审稿人。主持多项国家自然科学基金、国家重点研发计划和省部级科研项目。曾获得湖北省自然科学等奖、 B I B M 国际会议（ C C F B 类）最佳学生论文提名，入选 “ 全球顶尖前 1 0 万科学家 ” 榜单、 “ 全球前 2 % 顶尖科学家 ” 榜单。详细论文成果请查看： F u l l p u b l i c a t i o n l i s t a t M y G o o g l e S c h o l a r M y O R C I D M y P u b l o n s P r o f i l e 招收计算机、数学、生物信息学背景的硕士研究生（招生专业：计算机科学与技术、生物信息学（学硕）、电子信息（专硕）），博士研究生（招生专业：生物信息学（学博）、电子信息（专博））。现招收 2 0 2 5 年 9 月入学博士，感兴趣的同学欢迎邮件联系，署名邮件必回复，查看学生去向 ( 2 0 2 2 . 7 . 1 6 更新 ) 。研究方向（微信关注 A I i n G r a p h 公众号了解）：图表示学习、图神经网络、多模态表示学习、生成式人工智能人工智能分子筛选与性质预测人工智能分子设计（小分子设计 / 蛋白质设计 / 抗体设计 / 酶设计）人工智能中药材药效机制解析和资源开发工作经历： 2 0 1 8 年 1 1 月至今：华中农业大学，信息学院，教授 2 0 1 2 年 1 2 月 2 0 1 8 年 1 0 月：武汉大学，计算机学院，副教授 2 0 1 4 年 1 月 2 0 1 8 年 1 0 月：武汉大学，计算机学院，珞珈青年学者 2 0 1 5 年 2 月 2 0 1 6 年 2 月：美国麻省医学院访问学者 2 0 0 9 年 9 月 2 0 1 2 年 1 1 月：武汉大学，计算机学院，讲师教育经历： 2 0 0 6 年 9 月 2 0 0 9 年 6 月：武汉大学，计算机学院，博士研究生 2 0 0 7 年 9 月 2 0 0 8 年 8 月：新加坡国立大学，计算机学院，访问学生 2 0 0 3 年 9 月 2 0 0 6 年 6 月：武汉大学，数学与统计学院，硕士研究生 1 9 9 9 年 9 月 2 0 0 3 年 6 月：武汉大学，数学与统计学院，本科生代表论文： ( * C o r r e s p o n d i n g a u t h o r , # e q u a l c o n t r i b u t i o n ) K e x i n Z h a n g , F e n g H u a n g , L u o t a o L i u , Z h a n k u n X i o n g , H o n g y u Z h a n g , Y u a n Q u a n * , W e n Z h a n g * . H e t e r o g e n e o u s C a u s a l M e t a p a t h G r a p h N e u r a l N e t w o r k f o r G e n e M i c r o b e D i s e a s e A s s o c i a t i o n P r e d i c t i o n . T h e 3 3 r d I n t e r n a t i o n a l J o i n t C o n f e r e n c e o n A r t i f i c i a l I n t e l l i g e n c e ( I J C A I 2 0 2 4 ) , 2 0 2 4 . Z i y a n W a n g # , Z h a n k u n X i o n g # , F e n g H u a n g , X u a n L i u , W e n Z h a n g * . Z e r o D D I : A Z e r o S h o t D r u g D r u g I n t e r a c t i o n E v e n t P r e d i c t i o n M e t h o d w i t h S e m a n t i c E n h a n c e d L e a r n i n g a n d D u a l M o d a l U n i f o r m A l i g n m e n t . T h e 3 3 r d I n t e r n a t i o n a l J o i n t C o n f e r e n c e o n A r t i f i c i a l I n t e l l i g e n c e ( I J C A I 2 0 2 4 ) , 2 0 2 4 . Z h i w e i W a n g # , Y o n g k a n g W a n g # , W e n Z h a n g * . I m p r o v i n g p a r a t o p e a n d e p i t o p e p r e d i c t i o n b y m u l t i m o d a l c o n t r a s t i v e l e a r n i n g a n d i n t e r a c t i o n i n f o r m a t i v e n e s s e s t i m a t i o n . T h e 3 3 r d I n t e r n a t i o n a l J o i n t C o n f e r e n c e o n A r t i f i c i a l I n t e l l i g e n c e ( I J C A I 2 0 2 4 ) , 2 0 2 4 . Y o n g k a n g W a n g # , X u a n L i u # , F e n g H u a n g , Z h a n k u n x i o n g , W e n Z h a n g * . A M u l t i M o d a l C o n t r a s t i v e D i f f u s i o n M o d e l f o r T h e r a p e u t i c P e p t i d e G e n e r a t i o n . T h e 3 8 t h A A A I C o n f e r e n c e o n A r t i f i c i a l I n t e l l i g e n c e ( A A A I 2 0 2 4 ) , 2 0 2 4 . Z h e n g y i L i , M e n g l u L i , L i d a Z h u * , W e n Z h a n g * . I m p r o v i n g P T M S i t e P r e d i c t i o n b y C o u p l i n g o f M u l t i G r a n u l a r i t y S t r u c t u r e a n d M u l t i S c a l e S e q u e n c e R e p r e s e n t a t i o n . T h e 3 8 t h A A A I C o n f e r e n c e o n A r t i f i c i a l I n t e l l i g e n c e ( A A A I 2 0 2 4 ) ， 2 0 2 4 . L u o t a o L i u # , F e n g H u a n g # , X u a n L i u , Z h a n k u n x i o n g , M e n g l u L i , C o n g z h i S o n g , W e n Z h a n g * . M u l t i v i e w C o n t r a s t i v e L e a r n i n g H y p e r g r a p h N e u r a l N e t w o r k f o r D r u g M i c r o b e D i s e a s e A s s o c i a t i o n P r e d i c t i o n . T h e 3 2 n d I n t e r n a t i o n a l J o i n t C o n f e r e n c e o n A r t i f i c i a l I n t e l l i g e n c e ( I J C A I 2 0 2 3 ) , 2 0 2 3 . Z h a n k u n X i o n g # , S h i c h a o L i u # , F e n g H u a n g # , Z i y a n W a n g , X u a n L i u , Z h o n g f e i Z h a n g , W e n Z h a n g * . M u l t i r e l a t i o n a l C o n t r a s t i v e L e a r n i n g G r a p h N e u r a l N e t w o r k f o r D r u g d r u g I n t e r a c t i o n E v e n t P r e d i c t i o n . T h e 3 7 t h A A A I C o n f e r e n c e o n A r t i f i c i a l I n t e l l i g e n c e ( A A A I 2 0 2 3 ) , 2 0 2 3 . X u a n L i u , C o n g z h i S o n g , S h i c h a o L i u , M e n g l u L i , X i o n g h u i Z h o u , W e n Z h a n g * . M u l t i w a y r e l a t i o n e n h a n c e d h y p e r g r a p h r e p r e s e n t a t i o n l e a r n i n g f o r a n t i c a n c e r d r u g s y n e r g y p r e d i c t i o n . B i o i n f o r m a t i c s , 2 0 2 2 , 3 8 ( 2 0 ) : 4 7 8 2 4 7 8 9 . Z h a o y a n g C h u , F e n g H u a n g , H a i t a o F u , Y u a n Q u a n , X i o n g h u i Z h o u , S h i c h a o L i u , W e n Z h a n g * . H i e r a r c h i c a l g r a p h r e p r e s e n t a t i o n l e a r n i n g f o r t h e p r e d i c t i o n o f d r u g t a r g e t b i n d i n g a f f i n i t y . I n f o r m a t i o n S c i e n c e s , 2 0 2 2 , 6 1 3 : 5 0 7 5 2 3 . X u a n L i u , C h o n g z h i S o n g , F e n g H u a n g , H a i t a o F u , W e n j i e X i a o , W e n Z h a n g * . G r a p h C D R : A g r a p h n e u r a l n e t w o r k m e t h o d w i t h c o n t r a s t i v e l e a r n i n g f o r c a n c e r d r u g r e s p o n s e p r e d i c t i o n . B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s , 2 0 2 2 , 2 3 ( 1 ) : b b a b 4 5 7 . G u a n g z h a n Z h a n g † , M e n g l u L i † , H u a n D e n g , X i n r a n X u , X u a n L i u , W e n Z h a n g * . S G N N M D : S i g n e d G r a p h N e u r a l N e t w o r k f o r P r e d i c t i n g D e r e g u l a t i o n T y p e s o f M i R N A d i s e a s e A s s o c i a t i o n s . B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s , 2 0 2 2 , 2 3 ( 1 ) : b b a b 4 6 4 . H a i t a o F u † , F e n g H u a n g † , X u a n L i u , Y a n g Q i u , W e n Z h a n g * . M V G C N : d a t a i n t e g r a t i o n t h r o u g h m u l t i v i e w g r a p h c o n v o l u t i o n a l n e t w o r k f o r p r e d i c t i n g l i n k s i n b i o m e d i c a l b i p a r t i t e n e t w o r k s . B i o i n f o r m a t i c s , 2 0 2 2 , 3 8 ( 2 ) : 4 2 6 4 3 4 . S h u a i L i u , X i n r a n X u , Z h i h a o Y a n g , X i a o h a n Z h a o , S h i c h a o L i u , W e n Z h a n g * . E P I H C : I m p r o v i n g E n h a n c e r P r o m o t e r I n t e r a c t i o n P r e d i c t i o n b y u s i n g H y b r i d f e a t u r e s a n d C o m m u n i c a t i v e l e a r n i n g . I E E E / A C M T r a n s a c t i o n s o n C o m p u t a t i o n a l B i o l o g y a n d B i o i n f o r m a t i c s , 2 S e p t e m b e r 2 0 2 1 ( i n p r e s s ) , d o i : 1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 2 1 . 3 1 0 9 4 8 8 . C h e n s h u a i Z h a o , S h u a i L i u , F e n g H u a n g , S h i c h a o L i u , W e n Z h a n g * . C S G N N : C o n t r a s t i v e S e l f S u p e r v i s e d G r a p h N e u r a l N e t w o r k f o r M o l e c u l a r I n t e r a c t i o n P r e d i c t i o n . T h e 3 0 t h I n t e r n a t i o n a l J o i n t C o n f e r e n c e o n A r t i f i c i a l I n t e l l i g e n c e ( I J C A I 2 0 2 1 ) , M o n t r e a l t h e m e d V i r t u a l R e a l i t y , 1 9 t h 2 6 t h A u g u s t , 2 0 2 1 M e n g l u L i , W e n Z h a n g * . P H I A F : p r e d i c t i o n o f p h a g e – h o s t i n t e r a c t i o n s w i t h G A N b a s e d d a t a a u g m e n t a t i o n a n d s e q u e n c e b a s e d f e a t u r e f u s i o n . B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s , 2 0 2 2 , 2 3 ( 1 ) : b b a b 3 4 8 , d o i : 1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b a b 3 4 8 . Z h a n k u n X i o n g , F e n g H u a n g , Z i y a n W a n g , S h i c h a o L i u , W e n Z h a n g * . A m u l t i m o d a l f r a m e w o r k f o r i m p r o v i n g i n s i l i c o d r u g r e p o s i t i o n i n g w i t h t h e p r i o r k n o w l e d g e f r o m k n o w l e d g e g r a p h s . I E E E / A C M T r a n s a c t i o n s o n C o m p u t a t i o n a l B i o l o g y a n d B i o i n f o r m a t i c s , 7 A u g u s t 2 0 2 1 ( i n p r e s s ) , d o i : 1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 2 1 . 3 1 0 3 5 9 . Y a n g Q i u , Y a n g Z h a n g , Y i f a n D e n g , S h i c h a o L i u * , W e n Z h a n g * . A C o m p r e h e n s i v e R e v i e w o f C o m p u t a t i o n a l M e t h o d s f o r D r u g d r u g I n t e r a c t i o n D e t e c t i o n . I E E E / A C M T r a n s a c t i o n s o n C o m p u t a t i o n a l B i o l o g y a n d B i o i n f o r m a t i c s , 1 8 M a y 2 0 2 1 ( i n p r e s s ) , d o i : 1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 2 1 . 3 0 8 1 2 6 8 Z h o u x i n Y u # , F e n g H u a n g # , X i a o h a n Z h a o , W e n j i e X i a o , W e n Z h a n g * . P r e d i c t i n g D r u g D i s e a s e A s s o c i a t i o n s t h r o u g h L a y e r A t t e n t i o n G r a p h C o n v o l u t i o n a l N e t w o r k . B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s , 2 0 2 1 , 2 2 ( 4 ) : b b a a 2 4 3 , d o i : 1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b a a 2 4 3 . X i a n g a n C h e n , S h u a i L i u , W e n Z h a n g * . P r e d i c t i n g C o d i n g P o t e n t i a l o f R N A S e q u e n c e s b y S o l v i n g L o c a l D a t a I m b a l a n c e . I E E E / A C M T r a n s a c t i o n s o n C o m p u t a t i o n a l B i o l o g y a n d B i o i n f o r m a t i c s , 2 S e p t e m b e r 2 0 2 0 , d o i : 1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 2 0 . 3 0 2 1 8 0 0 . F e n g H u a n g # , X i a n g Y u e # , Z h a n k u n X i o n g , Z h o u x i n g Y u , S h i c h a o L i u , W e n Z h a n g * . T e n s o r D e c o m p o s i t i o n w i t h R e l a t i o n a l C o n s t r a i n t s f o r P r e d i c t i n g M u l t i p l e T y p e s o f M i c r o R N A d i s e a s e A s s o c i a t i o n s . B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s , 2 0 2 1 , 2 2 ( 3 ) : b b a a 1 4 0 , d o i : 1 0 . 1 0 9 3 / b i b / b b a a 1 4 0 . Y i f a n D e n g , X i n r a n X u , Y a n g Q i u , J i n g b o X i a , W e n Z h a n g * , S h i c h a o L i u * . A m u l t i m o d a l d e e p l e a r n i n g f r a m e w o r k f o r p r e d i c t i n g d r u g d r u g i n t e r a c t i o n e v e n t s . B i o i n f o r m a t i c s , 2 0 2 2 , 3 6 ( 1 5 ) : 4 3 1 6 4 3 2 2 , d o i : 1 0 . 1 0 9 3 / b i o i n f o r m a t i c s / b t a a 5 0 1 . X i a n g Y u e * , Z h e n W a n g , J i n g o n g H u a n g , S r i n i v a s a n P a r t h a s a r a t h y , S o h e i l M o o s a v i n a s a b , Y u n g u i H u a n g , S i m o n M L i n , W e n Z h a n g , P i n g Z h a n g , H u a n S u n * . G r a p h e m b e d d i n g o n b i o m e d i c a l n e t w o r k s : m e t h o d s , a p p l i c a t i o n s a n d e v a l u a t i o n s . B i o i n f o r m a t i c s , 1 5 F e b 2 0 2 0 , 3 6 ( 4 ) : 1 2 4 1 1 2 5 1 . ( 计算机 E S I 高被引 ) J i a n g L i , Y a w e n X u e , M u h a m m a d T a l a l A m i n , Y a n b o Y a n g , J i a j u n Y a n g , W e n Z h a n g , W e n q i a n Y a n g , X i a o h u i N i u , H o n g Y u Z h a n g , J i n g G o n g * . n c R N A e Q T L : a d a t a b a s e t o s y s t e m a t i c a l l y e v a l u a t e t h e e f f e c t s o f S N P s o n n o n c o d i n g R N A e x p r e s s i o n a c r o s s c a n c e r t y p e s . N u c l e i c a c i d s r e s e a r c h , 2 0 2 0 , 4 8 ( D 1 ) : D 9 5 6 D 9 6 3 X i a o c h a n W a n g , Y u c h o n g G o n g , J i n g Y i , W e n Z h a n g * . P r e d i c t i n g g e n e d i s e a s e a s s o c i a t i o n s f r o m t h e h e t e r o g e n e o u s n e t w o r k u s i n g g r a p h e m b e d d i n g . 2 0 1 9 I E E E I n t e r n a t i o n a l C o n f e r e n c e o n B i o i n f o r m a t i c s a n d B i o m e d i c i n e ( B I B M ) , N o v e m b e r 1 8 2 1 , 2 0 1 9 , S a n D i e g o , C A , U S A , p p : 5 0 4 5 1 1 ( B e s t s t u d e n t p a p e r n o m i n a t i o n ) S h u a n g Z h o u , X i a n g Y u e , X i n r a n X u , S h i c h a o L i u , W e n Z h a n g * , Y a n q i n g N i u * . L n c R N A m i R N A i n t e r a c t i o n p r e d i c t i o n f r o m t h e h e t e r o g e n e o u s n e t w o r k t h r o u g h g r a p h e m b e d d i n g e n s e m b l e l e a r n i n g . 2 0 1 9 I E E E I n t e r n a t i o n a l C o n f e r e n c e o n B i o i n f o r m a t i c s a n d B i o m e d i c i n e ( B I B M ) , N o v e m b e r 1 8 2 1 , 2 0 1 9 , S a n D i e g o , C A , U S A , p p : 6 2 2 6 2 7 Z e m i n g L i u , F e n g L i u * , C h e n g z h i H o n g , M e n g G a o , Y i P i n g P h o e b e C h e n , S h i c h a o L i u , W e n Z h a n g * . D e t e c t i o n o f C e l l T y p e s f r o m S i n g l e c e l l R N A s e q D a t a u s i n g S i m i l a r i t y v i a K e r n e l P r e s e r v i n g L e a r n i n g E m b e d d i n g . 2 0 1 9 I E E E I n t e r n a t i o n a l C o n f e r e n c e o n B i o i n f o r m a t i c s a n d B i o m e d i c i n e ( B I B M ) , N o v e m b e r 1 8 2 1 , 2 0 1 9 , S a n D i e g o , C A , U S A , p p : 4 5 1 4 5 7 W e n Z h a n g * , Z h i s h u a i L i , W e n z h e n g G u o , W e i t a i Y a n g , F e n g H u a n g . A f a s t l i n e a r n e i g h b o r h o o d s i m i l a r i t y b a s e d n e t w o r k l i n k i n f e r e n c e m e t h o d t o p r e d i c t m i c r o R N A d i s e a s e a s s o c i a t i o n s . I E E E / A C M t r a n s a c t i o n s o n c o m p u t a t i o n a l b i o l o g y a n d b i o i n f o r m a t i c s , 2 9 J u l y 2 0 1 9 , D O I : 1 0 . 1 1 0 9 / T C B B . 2 0 1 9 . 2 9 3 1 5 4 6 . W e n Z h a n g * , K a n g h o n g J i n g , F e n g H u a n g , Y a n l i n C h e n , B o l i n L i , J i n g h a o L i , J i n g G o n g . S F L L N : A s p a r s e f e a t u r e l e a r n i n g e n s e m b l e m e t h o d w i t h l i n e a r n e i g h b o r h o o d r e g u l a r i z a t i o n f o r p r e d i c t i n g d r u g d r u g i n t e r a c t i o n s . I n f o r m a t i o n S c i e n c e s , S e p t e m b e r 2 0 1 9 , 4 9 7 : 1 8 9 2 0 1 . ( 计算机 E S I 高被引 ) W e n Z h a n g * , W e i r a n L i n , D i n g Z h a n g , S i m a n W a n g , J i n g w e n S h i , Y a n q i n g N i u . R e c e n t a d v a n c e s i n t h e m a c h i n e l e a r n i n g b a s e d d r u g t a r g e t i n t e r a c t i o n p r e d i c t i o n . C u r r e n t d r u g m e t a b o l i s m , 2 0 1 9 , 2 0 ( 3 ) : 1 9 4 2 0 2 ( 9 ) . Y i C h e n g G a o , X i o n g H u i Z h o u * , W e n Z h a n g * . A n e n s e m b l e s t r a t e g y t o p r e d i c t p r o g n o s i s i n o v a r i a n c a n c e r b a s e d o n g e n e m o d u l e s . F r o n t i e r s i n g e n e t i c s , 2 4 A p r i l 2 0 1 9 . W e n Z h a n g * , X i a n g Y u e , G u i f e n g T a n g , W e n j i a n W u , F e n g H u a n g , X i n i n g Z h a n g . S F P E L L P I : S e q u e n c e b a s e d f e a t u r e p r o j e c t i o n e n s e m b l e l e a r n i n g f o r p r e d i c t i n g L n c R N A p r o t e i n i n t e r a c t i o n s . P L o S C o m p u t a t i o n a l B i o l o g y , D e c e m b e r 2 0 1 8 , 1 4 ( 1 2 ) : e 1 0 0 6 6 1 6 . W e n Z h a n g * , X i a o t i n g L u , W e i t a i Y a n g , F e n g H u a n g , B i n l u W a n g , A l a n w a n g , a n d Q i Z h a o . H N G R N M F : H e t e r o g e n e o u s N e t w o r k b a s e d G r a p h R e g u l a r i z e d N o n n e g a t i v e M a t r i x F a c t o r i z a t i o n f o r p r e d i c t i n g e v e n t s o f m i c r o b e d i s e a s e a s s o c i a t i o n s . 2 0 1 8 I E E E I n t e r n a t i o n a l C o n f e r e n c e o n B i o i n f o r m a t i c s a n d B i o m e d i c i n e ( B I B M 2 0 1 8 ) , M a d r i d , S p a i n , D e c 3 6 , 2 0 1 8 . W e n Z h a n g * , G u i f e n g T a n g , S i m a n W a n g , Y a n l i n C h e n , S h u a n g Z h o u , X i a o h o n g L i * . S e q u e n c e d e r i v e d l i n e a r n e i g h b o r h o o d p r o p a g a t i o n m e t h o d f o r p r e d i c t i n g l n c R N A m i R N A i n t e r a c t i o n s . 2 0 1 8 I E E E I n t e r n a t i o n a l C o n f e r e n c e o n B i o i n f o r m a t i c s a n d B i o m e d i c i n e ( B I B M 2 0 1 8 ) , M a d r i d , S p a i n , D e c 3 6 , 2 0 1 8 . W e n Z h a n g * , F e n g H u a n g , X i a n g Y u e , X i a o t i n g L u , W e i t a i Y a n g , Z h i s h u a i L i , F e n g L i u . P r e d i c t i o n o f D r u g D i s e a s e A s s o c i a t i o n s a n d T h e i r E f f e c t s b y S i g n e d N e t w o r k B a s e d N o n n e g a t i v e M a t r i x F a c t o r i z a t i o n . 2 0 1 8 I E E E I n t e r n a t i o n a l C o n f e r e n c e o n B i o i n f o r m a t i c s a n d B i o m e d i c i n e ( B I B M 2 0 1 8 ) , M a d r i d , S p a i n , D e c 3 6 , 2 0 1 8 . W e n Z h a n g * , X i a n g Y u e , W e i r a n L i n , W e n j i a n W u , R u o q i L i u , F e n g H u a n g , F e n g L i u . P r e d i c t i n g d r u g d i s e a s e a s s o c i a t i o n s b y u s i n g s i m i l a r i t y c o n s t r a i n e d m a t r i x f a c t o r i z a t i o n . B M C B i o i n f o r m a t i c s , 2 0 1 8 , 1 9 : 2 3 3 . W e n Z h a n g * , Y a n l i n C h e n , D i n g f a n g L i , X i a n g Y u e . M a n i f o l d r e g u l a r i z e d m a t r i x f a c t o r i z a t i o n f o r d r u g d r u g i n t e r a c t i o n p r e d i c t i o n . J o u r n a l o f b i o m e d i c a l i n f o r m a t i c s , 2 0 1 8 , 8 8 , 9 0 9 7 W e n Z h a n g * , X i a n g Y u e , F e n g H u a n g , R u o q i L i u , Y a n l i n C h e n , C h u n y a n g R u a n . P r e d i c t i n g d r u g d i s e a s e a s s o c i a t i o n s a n d t h e i r t h e r a p e u t i c f u n c t i o n b a s e d o n t h e d r u g d i s e a s e a s s o c i a t i o n b i p a r t i t e n e t w o r k . M e t h o d s , 2 0 1 8 , 1 4 5 , 5 1 5 9 . W e n Z h a n g * , X i n r u i L i u , Y a n l i n C h e n , W e n j i a n W u , W e i W a n g , X i a o h o n g L i . F e a t u r e d e r i v e d G r a p h R e g u l a r i z e d M a t r i x F a c t o r i z a t i o n f o r P r e d i c t i n g D r u g S i d e E f f e c t s . F e b r u a r y 2 0 1 8 , N e u r o c o m p u t i n g 2 0 1 8 , 2 8 7 : 1 5 4 1 6 2 W e n Z h a n g * , Y a n l i n C h e n , D i n g f a n g L i . D r u g t a r g e t i n t e r a c t i o n p r e d i c t i o n t h r o u g h l a b e l p r o p a g a t i o n w i t h l i n e a r n e i g h b o r h o o d i n f o r m a t i o n . M o l e c u l e s , 2 0 1 7 , 2 2 ( 1 2 ) , 2 0 5 6 W e n Z h a n g * , Q i a n l o n g Q u , Y u n q i u Q u , Y u n q i u Z h a n g , W e i W a n g . T h e l i n e a r n e i g h b o r h o o d p r o p a g a t i o n m e t h o d f o r p r e d i c t i n g l o n g n o n c o d i n g R N A p r o t e i n i n t e r a c t i o n s . N e u r o c o m p u t i n g , 2 0 1 8 , 2 7 3 ( 1 7 ) : 5 2 6 5 3 4 ( 计算机 E S I 高被引 ) W e n Z h a n g * , X i a n g Y u e , Y a n l i n C h e n , W e i r a n L i n , B o l i n L i , F e n g L i u , a n d X i a o h o n g L i . P r e d i c t i n g d r u g d i s e a s e a s s o c i a t i o n s b a s e d o n t h e k n o w n a s s o c i a t i o n b i p a r t i t e n e t w o r k . 2 0 1 7 I E E E I n t e r n a t i o n a l C o n f e r e n c e o n B i o i n f o r m a t i c s a n d B i o m e d i c i n e ( B I B M 2 0 1 7 ) , K a n s a n C i t y , M O , U S A , N o v 1 3 N o v 1 6 . W e n Z h a n g * , J i n g w e n S h i , G u i f e n g T a n g , B o l i n L i , W e i r a n L i n , X i a n g Y u e , Y a n l i n C h e n , a n d D i n g f a n g L i . P r e d i c t i n g s m a l l R N A s i n b a c t e r i a v i a s e q u e n c e l e a r n i n g e n s e m b l e m e t h o d . 2 0 1 7 I E E E I n t e r n a t i o n a l C o n f e r e n c e o n B i o i n f o r m a t i c s a n d B i o m e d i c i n e ( B I B M 2 0 1 7 ) , K a n s a n C i t y , M O , U S A , N o v 1 3 N o v 1 6 . W e n Z h a n g * , X i a o p e n g Z h u , Y u F u , J u n k o T s u j i , Z h i p i n g W e n g . P r e d i c t i n g h u m a n s p l i c i n g b r a n c h p o i n t s b y c o m b i n i n g s e q u e n c e d e r i v e d f e a t u r e s a n d m u l t i l a b e l l e a r n i n g m e t h o d s . B M C b i o i n f o r m a t i c s , 2 0 1 7 , 1 8 ( S u p p l 1 3 ) : 4 6 4 . W e n Z h a n g * , X i a n g Y u e , F e n g L i u , Y a n l i n C h e n , S h i k u i T u , Q i a n l o n g Q u , X i n i n g Z h a n g . A u n i f i e d f r a m e o f p r e d i c t i n g s i d e e f f e c t s o f d r u g s b y u s i n g l i n e a r n e i g h b o r h o o d s i m i l a r i t y . B M C S y s t e m s b i o l o g y , 2 0 1 7 , 1 1 ( S u p p l 6 ) : 1 0 1 W e n Z h a n g * , Y a n l i n C h e n ; F e n g L i u , F e i L u o , G a n g T i a n , X i a o h o n g L i . P r e d i c t i n g p o t e n t i a l d r u g d r u g i n t e r a c t i o n s b y i n t e g r a t i n g c h e m i c a l , b i o l o g i c a l , p h e n o t y p i c a n d n e t w o r k d a t a . B M C B i o i n f o r m a t i c s , 2 0 1 7 , 1 8 : 1 8 . ( 计算机 E S I 高被引 ) W e n Z h a n g * , Y a n l i n C h e n , S h i k u i T u , F e n g L i u , a n d Q i a n l o n g Q u . D r u g s i d e e f f e c t p r e d i c t i o n t h r o u g h l i n e a r n e i g h b o r h o o d s a n d m u l t i p l e d a t a s o u r c e i n t e g r a t i o n . 2 0 1 6 I E E E I n t e r n a t i o n a l C o n f e r e n c e o n B i o i n f o r m a t i c s a n d B i o m e d i c i n e ( B I B M 2 0 1 6 ) , S h e n Z h e n , C h i n a , D e c 1 5 1 8 , 2 0 1 6 . W e n Z h a n g * , X i a o p e n g Z h u , Y u F u , J u n k o T s u j i , a n d Z h i p i n g W e n g . T h e p r e d i c t i o n o f h u m a n s p l i c i n g b r a n c h p o i n t s b y m u l t i l a b e l l e a r n i n g . 2 0 1 6 I E E E I n t e r n a t i o n a l C o n f e r e n c e o n B i o i n f o r m a t i c s a n d B i o m e d i c i n e ( B I B M 2 0 1 6 ) , S h e n Z h e n , C h i n a , D e c 1 5 1 8 , 2 0 1 6 . D i n g f a n g L i , L o n g q i a n g L u o , W e n Z h a n g * , F e n g L i u , F e i L u o . A g e n e t i c a l g o r i t h m b a s e d w e i g h t e d e n s e m b l e m e t h o d f o r p r e d i c t i n g t r a n s p o s o n d e r i v e d p i R N A s . B M C B i o i n f o r m a t i c s , 2 0 1 6 1 7 : 3 2 9 . L o n g q i a n g L u o , D i n g f a n g L i , W e n Z h a n g * , S h i k u i T u , X i a o p e n g Z h u , a n d G a n g T i a n . A c c u r a t e P r e d i c t i o n o f T r a n s p o s o n D e r i v e d p i R N A s b y I n t e g r a t i n g V a r i o u s S e q u e n t i a l a n d P h y s i c o c h e m i c a l F e a t u r e s . P L o S O n e . 2 0 1 6 A p r 1 3 ; 1 1 ( 4 ) : e 0 1 5 3 2 6 8 . 1 0 . 1 1 3 7 / 1 . 9 7 8 1 6 1 1 9 7 4 3 4 8 . 3 R u i c h u C a i , Z h e n j i e Z h a n g , S r i n i v a s a n P a r t h a s a r a t h y , A n t h o n y K . H . T u n g , Z h i f e n g H a o , W e n Z h a n g . M u l t i D o m a i n M a n i f o l d L e a r n i n g f o r D r u g T a r g e t I n t e r a c t i o n P r e d i c t i o n . S I A M I n t e r n a t i o n a l C o n f e r e n c e o n D a t a M i n i n g ( S D M 1 6 ) , J u n e 2 0 1 6 . D O I : 1 0 . 1 1 3 7 / 1 . 9 7 8 1 6 1 1 9 7 4 3 4 8 . 3 W e n Z h a n g * , F e n g L i u , L o n g q i a n g L u o , J i n g x i a Z h a n g , P r e d i c t i n g d r u g s i d e e f f e c t s b y m u l t i l a b e l l e a r n i n g a n d e n s e m b l e l e a r n i n g . B M C B i o i n f o r m a t i c s . 2 0 1 5 , 1 6 : 3 6 5 . W e n Z h a n g * , H u a Z o u , L o n g q i a n g L u o , Q i a n c h a o L i u , W e i j i a n W u , a n d W e n y i X i a o . P r e d i c t i n g p o t e n t i a l s i d e e f f e c t s o f d r u g s b y r e c o m m e n d e r m e t h o d s a n d e n s e m b l e l e a r n i n g . N e u r o c o m p u t i n g , 2 0 1 5 , 1 7 3 ( 3 ) : 9 7 9 9 8 7 . W e n Z h a n g * , Y a n q i n g N i u , H u a Z o u , L o n g q i a n g L u o , Q i a n c h a o L i u , W e i j i a n W u . A c c u r a t e p r e d i c t i o n o f i m m u n o g e n i c T c e l l e p i t o p e s f r o m e p i t o p e s e q u e n c e s u s i n g t h e g e n e t i c a l g o r i t h m b a s e d e n s e m b l e l e a r n i n g . P L o S O n e 2 0 1 5 2 8 ; 1 0 ( 5 ) : e 0 1 2 8 1 9 4 . Z o u , H u a ; L i n , F u ; H a n , J i e ; Z h a n g , W e n * . G P U B a s e d M e d i c a l V i s u a l i z a t i o n f o r L a r g e D a t a s e t s , J o u r n a l o f M e d i c a l I m a g i n g a n d H e a l t h I n f o r m a t i c s , 2 0 1 5 , 5 ( 7 ) : 1 4 6 7 1 4 7 3 ( 7 ) W e n Z h a n g * , Y a n q i n g N i u , Y i X i o n g , M e n g K e . P r e d i c t i o n o f c o n f o r m a t i o n a l B c e l l e p i t o p e s . A n i n v i t e d C h a p t e r i n t h e s e c o n d e d i t i o n o f t h e b o o k t i t l e d “ I m m u n o i n f o r m a t i c s ” , u n d e r t h e s e r i e s t i t l e d “ M e t h o d s i n M o l e c u l a r B i o l o g y ” ( S e r i e s E d i t o r : J o h n W a l k e r ) . S p r i n g e r , p p 1 8 5 1 9 6 , N e w Y o r k , J u a n L i u , W e n Z h a n g . D a t a b a s e s f o r B c e l l e p i t o p e s . A n i n v i t e d C h a p t e r i n t h e s e c o n d e d i t i o n o f t h e b o o k t i t l e d “ I m m u n o i n f o r m a t i c s ” , u n d e r t h e s e r i e s t i t l e d “ M e t h o d s i n M o l e c u l a r B i o l o g y ” ( S e r i e s E d i t o r : J o h n W a l k e r ) . S p r i n g e r , p p 1 3 5 1 4 8 , N e w Y o r k , W e n Z h a n g , J u a n L i u , Y i X i o n g , M e n g K e , a n d K e Z h a n g . P r e d i c t i n g i m m u n o g e n i c T c e l l e p i t o p e s b y c o m b i n i n g v a r i o u s s e q u e n c e d e r i v e d f e a t u r e s . T h e I E E E I n t e r n a t i o n a l C o n f e r e n c e o n B i o i n f o r m a t i c s a n d B i o m e d i c i n e ( B I B M 2 0 1 3 ) . 1 8 2 1 D e c . 2 0 1 3 , P a g e ( s ) : 4 9 , S h a n g h a i , C h i n a , D e c 2 0 1 3 . W e n Z h a n g , Y a n q i n g N i u , Y i X i o n g , M e n g Z h a o , R o n g w e i Y u , J u a n L i u . C o m p u t a t i o n a l p r e d i c t i o n o f c o n f o r m a t i o n a l B c e l l e p i t o p e s f r o m a n t i g e n p r i m a r y s t r u c t u r e s b y e n s e m b l e l e a r n i n g . P L O S O n e , 7 ( 8 ) : e 4 3 5 7 5 . W e n Z h a n g , J u a n L i u , M e n g Z h a o , Q i n g j i a o L i . P r e d i c t i n g l i n e a r B c e l l e p i t o p e s b y u s i n g s e q u e n c e d e r i v e d s t r u c t u r a l a n d p h y s i c o c h e m i c a l f e a t u r e s . I n t e r n a t i o n a l J o u r n a l o f D a t a M i n i n g a n d B i o i n f o r m a t i c s , 2 0 1 2 , 6 ( 5 ) : 5 5 7 5 6 9 . Y i X i o n g , J u a n L i u , W e n Z h a n g , T a o Z e n g . P r e d i c t i o n o f h e m e b i n d i n g r e s i d u e s f r o m p r o t e i n s e q u e n c e s w i t h i n t e g r a t i v e s e q u e n c e p r o f i l e s . P r o t e o m e S c i e n c e ( S u p p l 1 ) : S 2 0 . Y i X i o n g , X J u n f e n g X i a , W e n Z h a n g , J u a n L i u . E x p l o i t i n g a r e d u c e d s e t o f w e i g h t e d a v e r a g e f e a t u r e s t o i m p r o v e p r e d i c t i o n o f D N A b i n d i n g r e s i d u e s f r o m 3 D S t r u c t u r e s . P L O S O n e , 6 : e 2 8 4 4 0 . W e n Z h a n g , Y i X i o n g , M e n g Z h a o , H u a Z o u , X i n g h u o Y e , J u a n L i u . P r e d i c t i o n o f c o n f o r m a t i o n a l B c e l l e p i t o p e s f r o m 3 D s t r u c t u r e s b y r a n d o m f o r e s t w i t h a d i s t a n c e b a s e d f e a t u r e . B M C B i o i n f o r m a t i c s , 1 2 : 3 4 1 . W e n Z h a n g , J u a n L i u , Y a n q i n g N i u . Q u a n t i t a t i v e p r e d i c t i o n o f M H C I I b i n d i n g a f f i n i t y u s i n g p a r t i c l e s w a r m o p t i m i z a t i o n . A r t i f i c i a l i n t e l l i g e n c e i n m e d i c i n e , 2 0 1 0 , 5 0 ( 2 ) : 1 2 7 1 3 2 . W e n Z h a n g , J u a n L i u , Y a n q i n g N i u . Q u a n t i t a t i v e p r e d i c t i o n o f M H C I I p e p t i d e b i n d i n g a f f i n i t y u s i n g r e l e v a n c e v e c t o r m a c h i n e . A p p l i e d I n t e l l i g e n c e , 2 0 0 9 , 3 1 ( 2 ) : 1 8 0 1 8 7 . W e n Z h a n g , J u a n L i u , Y a n q i n g N i u , W a n g L i a n , H u X i h a o . A B a y e s i a n r e g r e s s i o n a p p r o a c h t o t h e p r e d i c t i o n o f M H C I I b i n d i n g a f f i n i t y . C o m p u t e r M e t h o d s a n d P r o g r a m s i n B i o m e d i c i n e , 2 0 0 8 , 9 2 ( 1 ) : 1 7 . 学术软件 d r u g d i s e a s e a s s o c i a t i o n p r e d i c t i o n s e r v e r : h t t p : / / b i o i n f o t e c h . c n / S C M F D D B r a n c h P o i n t S e r v e r : h t t p : / / w w w . b i o i n f o t e c h . c n / b r a n c h p o i n t / O u r G i t H u b : h t t p s : / / g i t h u b . c o m / B i o M e d i c a l B i g D a t a M i n i n g L a b W h u 培养学生：武汉大学华中农业大学查看学生去向最后修改时间： 2 0 2 2 . 7 . 1 6 鄂 I C P 备 1 7 0 1 0 4 2 3 号

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